Der cis-trans-Test erlaubt es festzustellen, ob Mutanten Allele des gleichen Gens sind oder ob sie verschiedenen Genen zuzuordnen sind. Dazu werden die Mutanten so untereinander gekreuzt, daß die entsprechenden cis- oder trans-Heterozygoten entstehen. Bei der cis-Konfiguration sind die beiden Mutanten im gleichen Chromosom lokalisiert, bei der trans-Konfiguration liegen sie getrennt auf den beiden homologen Chromosomen. Der Phänotyp der trans-Heterozygoten zeigt an, ob die Mutanten komplementieren: Betreffen die beiden Mutationen verschiedene Gene (Abb. 2.23A), verfügt der trans-Heterozygote über je ein normale Gen (a und c). Er zeigt deshalb den Wildphänotyp (Komplementation). Liegen die beiden Mutationen jedoch im gleichen Gen (Abb. 2.23B), besitzt der trans-Heterozygote kein intaktes Gen und zeigt dadurch den Mutantenphänotyp (keine Komplementation). Die Mutationen m1 und m3 sind Allele, d.h. Varianten des gleichen Gens. Die cis-Konfiguration, die als Kontrolle dient, wird in der Praxis häufig weggelassen, da es bei höheren Organsimen oft schwierig ist, die cis-Doppelmutante zu konstruieren.