Unter Dauermodifikation versteht man eine erworbene Eigenschaft eines Organismus, die sich über zahlreiche Generationen weitervererbt. Eines der interessantesten Beispiele liefert die Vererbung des Cilienmusters bei den Ciliaten. Diese hochspezialisierten Protozoen sind an ihrer Zelloberfläche mit Cilien besetzt, die in einem genauen räumlichen Muster in der Rindenschicht (Cortex) des Cytoplasmas angeordnet sind (vgl. Abb. 12.11). Dieses Muster kann durch Mutationen in den Genen des Zellkerns verändert werden und ist deshalb mindestens teilweise genetisch bestimmt. Doch wenn durch operative Eingriffe einzelne Cilienreihen um 180° gedreht werden, so daß sie in Gegenrichtung schlagen, bleibt bei der nächsten Zellteilung die umgekehrte Cilienreihe erhalten und pflanzt sich auf beide Tochterzellen fort. Die "Vererbung dieser erworbenen Eigenschaft" ist nicht absolut stabil; es können auch wieder normale Zellen auftreten. Aber durch gelegentliches Auslesen derjenigen Zellen, die sich infolge der umgedrehten Cilienreihe abnormal bewegen, kann man diese Dauermodifikation über hunderte von Generationen weiterzüchten. Die molekularen Grundlagen dieser Musterbildung sind nicht bekannt, doch scheint der "alte" Cortex bei der Zellteilung als Matrize oder Vorlage für die Ausbildung des Musters des "neuen" Cortex zu dienen.