Die der Zellkultur zugesetzte reine DNA wird von den Zellen meist als Calciumphosphatniederschlag aufgenommen. Da ein Gentransfer selten vorkommt, müssen die transformierten Zellen herausselektioniert werden. Dazu verwendet man z.B. TK--Zellen, die eine Deletion des Thymidinkinasegens aufweisen, transformiert sie mit TK+-DNA und selektioniert dann die transformierten Zellen in einem Nährmedium, in dem nur TK+-Zellen wachsen können. Die transformierende DNA wird in die Zellen aufgenommen und nach einiger Zeit in die Wirtschromosomen eingebaut. Gibt man außer dem selektierbaren Gen im gleichen Calciumphosphatniederschlag noch ein zweites Gen dazu, nehmen fast alle Zellen, die überhaupt DNA inkorporieren, beide Gene miteinander auf (Cotransformation). Der Einbau ins Genom der Empfängerzelle erfolgt meist zufällig an verschiedenen Loci. In jüngster Zeit konnte aber auch homologe Rekombination zwischen der transformierenden DNA und dem homologen Wirtsgen nachgewiesen werden.