Die funktionelle Bedeutung der Introns ist noch unklar. Bei vielen Genen unterteilen die Introns das entstehende Protein in funktionelle Domänen, die dann im Verlauf der Evolution zu neuen Genen bzw. Proteinen zusammengefügt werden können. Interessanterweise gibt es auch Verspleißen von RNA-Molekülen als "autokatalytischen" Vorgang in Abwesenheit von Proteinen und RNP-Partikeln: so wurde beim Einzeller Tetrahymena gezeigt, daß die rRNA selbst das Intron autokatalytisch herausspalten und die Exons ligieren kann. Sicher trägt die Anwesenheit von Introns, die häufig um ein Vielfaches länger sind als die Exons, bei höheren Organismen dazu bei, daß ihre Genome viel größer sind als die der Prokaryoten, die im allgemeinen keine Introns aufweisen.