Die entsprechenden Gene werden von der RNA-Polymerase III transkribiert und unterscheiden sich von den bereits erwähnten Polymerase-II-Genen darin, daß sich der Promotor innerhalb der RNA-codierenden Region des Gens befindet. Drei verschiedene Transkriptionsfaktoren (Proteine) binden an den Promotor und bilden einen stabilen aktiven Trnaskriptionskomplex. Die RNA-Polymerase kann die 5s-Gene transkribieren, ohne daß sich die Transkriptionsfaktoren von der DNA-Matrize ablösen. Der Transkriptionsfaktor TFIIIA weist die bereits erwähnte "Zinkfinger"-Struktur auf und bindet nicht nur an 5s-Gene (DNA), sondern auch an 5s-RNA. Die neusynthetisierte 5s-RNA bindet in jungen Oocyten an TFIIIA und wird als Ribonucleoproteinpartikel im Cytoplasma gespeichert. Im Gegensatz zu den anderen ribosomalen RNA-Genen werden die 5s-Gene in der Amphibienoocyte nicht amplifiziert, sondern auf der Stufe der RNA reguliert. Dies hängt wohl damit zusammen, daß im Oocytenkern schon ohne Amplifikation etwa 20.000 Genkopien vorliegen.