Vielfach beruht Pleiotropie auf Sekundäreffekten. Die Mausmutante dwarf, die auch als "Hypophysen-Zwergmaus" bezeichnet wird, betrifft primär die Hypophyse des Gehirns, indem sie die Entwicklung hormonproduzierender Zellen in des Vorderlappens blockiert. Dadurch fällt das Wachstumshormon Somatotropin aus, was zu Zwergwuchs führt; aber es fehlen auch noch andere Hormone wie Gonadotropin, so daß die Keimdrüsen unterentwickelt bleiben (Sterilität der Zwergmäuse).