Der Rekombinationsmechanismus für die leichte Immunoglobulinkette Kappa in Maus ist in Abb. 2.50 schematisch dargestellt.
In den Keimzellen und allen somatischen Zellen (außer den B-Lymphocyten) liegen variable und konstante Genabschnitte auf dem gleichen Chromosom weit voneinander entfernt. Das aktive Gen wird durch somatische Rekombination – entweder durch Deletion oder Inversion – zusammengebaut. Als erstes werden zufällig ausgewählte V- und J-Segemente der variablen Region miteinander verbunden. Dabei dienen die Sequenzen R und R' als Erkennungsmarken für Enzyme, die diesen ortsspezifischen Rekombinationsvorgang katalysieren. Die dazwischenliegenden DNA-Sequenzen werden herausgeschnitten und – z.B. die Segmente V2 und J3 – neu miteinander verknüpft. Das rekombinierte Gen wird aktiv und produziert ein primäres Transkript, das noch ein zusätzliches J-Segment (J4) enthält. Dieses Segment wird beim Verspleißen des Transkripts entfernt, so daß eine mRNA entsteht, in der ein VJ-Segment der variablen Region mit einer konstanten Region C vereinigt ist. Wenn beide Regionen – die variable und die konstante – auf dem Chromosom gleich orientiert sind, besteht die Rekombination aus einer Deletion, bei umgekehrter Orientierung aus einer Inversion.